依维莫司的常见副作用包括：感染、血红蛋白降低、血糖升高、淋巴细胞减少和口腔炎。其他副作用包括：肺炎、高密度脂蛋白胆固醇升高。

接受依维莫司治疗期间，患者要注意以下风险：

恶性肿瘤和严重感染

只有在免疫抑制治疗和移植患者管理方面经验丰富的临床医生才能开出依维莫司处方。

免疫抑制可能导致对感染的易感性增加，并可能发展为恶性肿瘤（例如淋巴瘤、皮肤癌）。

移植肾血栓形成

肾动脉和静脉血栓形成的风险增加；主要发生在移植后的前 30 天内。

肾毒性

伴随使用标准剂量的环孢菌素和依维莫司可能会增加肾毒性的风险。 与依维莫司联合使用时要减少环孢素的用量；监测环孢菌素和依维莫司全血谷浓度。

心脏移植死亡率

在新心脏移植患者的临床试验中，接受依维莫司免疫抑制方案联合或不联合诱导治疗的患者在移植后头 3 个月内观察到死亡率增加，通常与严重感染有关。 不推荐在心脏移植患者中使用依维莫司。

依维莫司的其它副作用包括：

在晚期HER2阴性乳腺癌患者中：口腔炎（例如口腔溃疡、口疮性口炎、舌痛、牙龈痛、舌炎、唇溃疡）， 感染， 皮疹， 疲劳或虚弱，腹泻， 食欲下降， 恶心，消瘦， 咳嗽， 味觉障碍， 头痛，呼吸困难， 关节痛， 外周水肿， 肺炎（例如，间质性肺病、肺浸润、肺纤维化）， 鼻衄， 呕吐, 发热，背痛，便秘，瘙痒，失眠， 口干，脱发， 高胆固醇血症， 高血糖， 增加 AST， 贫血， 白细胞减少症，血小板减少症， 淋巴细胞减少症， ALT升高， 高甘油三酯血症， 白蛋白减少，中性粒细胞减少症，低钾血症。

在晚期原始神经外胚层肿瘤患者中：口腔炎， 皮疹， 腹泻， 疲劳/不适， 水肿（外周性或全身性）， 腹痛，发烧， 头痛/偏头痛， 食欲下降， 呕吐， 减肥， 鼻咽炎/鼻炎/上呼吸道感染， 咳嗽， 指甲疾病， 鼻衄， 瘙痒症， 呼吸困难， 味觉障碍， 肺炎，尿路感染， 关节痛， 背疼， 四肢疼痛， 失眠， 便秘， 皮肤干燥， 高血压，头晕， 口干， 口咽痛，糖尿病， 肌肉痉挛， 贫血， 增加碱性磷酸酶， 高血糖， 高胆固醇血症， 减少碳酸氢盐， 增加 AST， ALT升高， 淋巴细胞减少症， 血小板减少症， 白细胞减少症， 低磷血症， 高甘油三酯血症，低钙血症， 中性粒细胞减少症， 低钾血症， 低白蛋白血症。

肾细胞癌患者：口腔炎， 感染， 虚弱， 疲劳， 腹泻， 咳嗽， 皮疹， 贫血， 高胆固醇血症， , 高甘油三酯血症， 高血糖， 淋巴细胞减少症。

在伴有结节性硬化症的肾血管平滑肌脂肪瘤患者中：口腔炎， 高胆固醇血症， 痤疮， 咳嗽， 呕吐， 腹泻， 关节痛， 闭经， 外周水肿， 上呼吸道感染， 贫血， 高甘油三酯血症。

在伴有结节性硬化症的室管膜下巨细胞星形细胞瘤患者中：口腔炎（例如口腔和唇部溃疡）， 呼吸道感染， 胆固醇升高， 增加 ALT 和 AST， PTT升高， 中性粒细胞减少症， 减少血红蛋白， 发热， 疲劳， 呕吐， 腹泻， 便秘， 胃肠炎， 精神障碍（例如，焦虑，攻击性，其他行为障碍）， 高血糖， 蜂窝织炎， 皮疹， 粉刺， 高甘油三酯血症， 咽炎。

在肾移植患者中：感染， 外周水肿， 便秘， 高血压， 恶心， 贫血， 尿路感染， 高脂血症， 腹泻， 发热， 头痛， 高钾血症，  高胆固醇血症， 失眠， 切口部位疼痛， 上呼吸道感染， 血脂异常， 程序性疼痛， 呕吐， 腹痛， 低镁血症， 低磷血症， 四肢疼痛， 血尿， 高血糖， 低钾血症， 背疼， 排尿困难。

在肝移植患者中：感染， 腹泻， 头痛， 外周水肿， 高血压， 恶心， 白细胞减少症， 腹痛， 发热。